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法人が平成25年1月1日から課される復興特別所得税については、復興特別法人税額からの控除や、課税所得に損金算入することができる。復興特別所得税も含んだ源泉徴収税額を所得税額控除として、法人税額から控除してしまった場合、税額が過少となるため、調査等で指摘されれば、原則的には過少申告加算税の対象となってしまう。支払調書等には、復興特別所得税と所得税額の明細の記載は必要とされていないことから、支払を受けた側である法人が源泉徴収税額について所得税額と復興特別所得税額に区分して処理を行う必要がある。
また、赤字法人は復興特別法人税の申告書を提出する必要はないものの、申告書を提出しなかった法人が、調査等で黒字となった場合、復興特別法人税に係る加算税は、過少申告加算税ではなく無申告加算税が課されることとされている。ただ、課税標準をゼロとする復興特別法人税の申告書を提出すれば、その申告は納税申告書に該当し加算税が課される場合には過少申告加算税の扱いとなる。

平成25年度の税制改正で個人住民税における公的年金の特別徴収制度が改正されることが決まった。市町村が公的年金の支払いをする際に徴収する仮特別徴収税額を、年金所得者の前年度分の個人住民税の2分の1に相当する額とすることに見直された。公的年金以外に給与所得や事業所得などがある場合、これら所得分の特別徴収は行われない。新たな仮特別徴収制度は、平成28年10月以後に行われる特別徴収で実施される。

平成25年度の税制改正では、住宅ローン減税の拡充など平成26年4月からの消費税引上げに伴う負担軽減措置が盛り込まれているが、負担軽減措置の一環として領収書などに貼付する印紙に係る印紙税の免税点も引き上げられることが、税制改正大綱で明らかになっている。領収書など17号文書である『金銭又は有価証券の受領書』のうち、記載された受取金額が5万円未満（現行3万円未満）の受取書は、印紙税を非課税とするもので、平成26年4月1日以後作成される受取書から適用される。

政府は3月1日、全国民に番号を割り振って納税や社会保障の情報を一元管理する共通番号制度を創設するための関連4法案を閣議決定した。今国会で成立させ、平成27年10月に国民一人一人に番号を通知することを目指す。番号制度運用のためのシステム整備などにかかる初期費用は2000億〜3000億円を見込んでいる。また、政府は制度の略称を『社会保障・税番号制度』と決定。
政府の計画では平成27年10月、割り振った共通番号を全国民に通知。平成28年1月からは行政機関で番号の利用を開始し、申請すれば顔写真付きの『個人番号カード』を交付する。平成29年1月からは行政機関同士の連携を順次始め、本格的な運用につなげる方針だ。ただ、情報流出への懸念は根強く、法案に盛り込まれた第三者機関によるチェックなどで十分かどうか、議論になりそうだ。

雇用保険については、複数の事業所での要件に該当した場合であっても、1つの事業所で適用することとなっており、いずれかの事業所で適用するかの判断は以下によって行われます。